上海到嘉峪关物流集装箱多式联运运输组织缺乏有效协调机制：路、港、船、货等自成一体，彼此割裂，组织效率很低。尤其铁路体系与集装箱海运体系在运票、运价和违约补偿等方面不一致，单证、票据和业务信息内容尚未统一，集装箱海铁联运运输组织缺乏有效协调，使得港口集疏运结构不平衡。

　　运行机制存在障碍：我国公路、铁路由交通运输部主管，基本是市场化运作；但铁路由铁道部主管，还在计划体制下运作；而国际集装箱运输还涉及海关、检验检疫等监管部门和金融机构。目前，上海到嘉峪关物流海公联运、水水联运发展较快，但海铁联运发展缓慢，与各个主管部门对海铁联运管理不协调相关。

　　配套基础设施建设滞后：集装箱港口缺乏海铁联运枢纽，功能跟不上；内陆地区缺乏按照国际标准运作的集装箱铁路场站（不过无水港的发展是很好的征兆）；公路、港口、船东、货主信息系统尚未联通。

　　承运人组织开展集装箱多式联运的能力有限，特别是国际多式联运的操作，要熟悉国际多式联运业务的操作，还要具备较强的整合国内外运输资源的能力。而目前我国多式联运层层分包，上海到嘉峪关物流加大了多式联运的障碍和风险。

　　多式联运目前在国内处于蓄势待发的阶段，但缺乏统一的平台和标准支持。运输企业拥有自己的信息系统，相互之间数据借口缺失；运输资源与客户资源之间信息脱节，运力没得到充分发挥；目前国内成熟运营的多式联运信息化服务平台很少。
　　
　　适合集装箱海铁的货源问题：500公路运输半径以外，铁路运输有优势；我国沿海地区500公里之内比较发达，但我国沿海地区，货源主要集中于300-400公里半径内，500公里之外经济不活跃，中西部地区适箱货源比例还很低。