2012年9月2日上海到嘉峪关物流福州保税港区30日向来此参加第19届全国城市外宣协作会议的媒体披露，福州保税港区与台湾自贸港区对接，涉及“两区通关无纸化、互设办事处和互为中转口岸及开展金融合作”等四项合作内容。福州保税港区目前建成大陆一流的保税港区电子信息平台，这个平台包括对接台湾自贸港区系统，还预留了“对接台湾自贸港区系统”接口。
　　
据介绍，为促进海峡两岸自由贸易港区对接与合作，福州保税港区2008年开始积极谋划与台湾基隆自由贸易港区对接事宜，2008年6月、11月在福州和基隆与台湾基隆自由贸易港区成功召开两次“两区对接”会议，在区域监管、货物直通、上海到嘉峪关物流增值服务等十点对接思路上达成共识，引起了两岸相关部门强烈反响。
　　
2012年5月5日，时任福建省长黄小晶率代表团赴台访问期间，福州保税港区与台湾基隆自由贸易港区签订了《两区对接协议》，力争实现四个一体化目标，即通关便利一体化、信息技术一体化、金融运作一体化和管理服务一体化。福州保税港区与台湾基隆自由贸易港区携手开启了海峡两岸自由贸易港区互利双赢对接的历史进程。
　　
2012年6月，福州保税港区与台湾自贸港区举行对接圆桌会议，与台湾高雄、台中、基隆三大自贸港区就深入推进福州保税港与台湾自贸区对接合作进行探讨，上海到嘉峪关物流形成了合作共识。
　　

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